พิพิธภัณฑ์ได้ปรากฏในภาพยนตร์ Star Trek IV: The Voyager Home เมื่อ พ.ศ. 2529 ซึ่งได้สมมติเป็น Cetacean Institute ใน Sausalito มีการใช้เทคนิคพิเศษเพื่อจำลองอาคารพิพิธภัณฑ์ให้เป็นตู้เลี้ยงวาฬหลังค่อมสองตัว

ในภาพยนตร์ Lemony Snicket's A Series of Unfortunate Events ตัวละครชื่อ Stephano ทำงานเกี่ยวกับงูทะเลอยู่ที่พิพิธภัณฑ์นี้ อย่างไรก็ตาม ในความเป็นจริงแล้วพิพิธภัณฑ์นี้ไม่มีงูทะเลอยู่เลย

พิพิธภัณฑ์นี้ตั้งอยู่ถัดจากบ้านและ lab (Pacific Biological Laboratories) ของ Ed Ricketts นักชีววิทยาสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังในทะเล ซึ่งยังคงตั้งอยู่ในปัจจุบัน Ricketts มีชื่อเสียงในฐานะ "Doc" แห่ง Cannery Row ของ John Steinbeck ภายในพิพิธภัณฑ์จัดแสดงสิ่งของต่าง ๆ ของ Ricketts อย่างเช่นหนังสือบางเล่ม และในร้านค้ายังจำหน่ายส่วนหนึ่งของ Monterey and Steinbeck books

ทีมผู้สร้าง The Penguins of Madagascar ได้กล่าวว่า นากที่ชื่อว่า Marlene ได้ถูกย้ายจากพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำมอนเทอเรย์เบย์มายัง New York city zoo